利用协同数据解决方案加速癌症免疫治疗研究

 

beta365手机版

beta365手机版与产品远见者合作,执行他们的大想法. beta365下载构建创新的解决方案,加快技术路线图,为beta365下载的客户及其客户带来真正的影响.

2020年9月11日更新

概览

Sage bionetwork 利用开放科学实践并开发新的研究技术,使科学家能够更有效地合作并负责任地共享数据. 作为非营利性和中立的召集人, Sage认为,在分布式研究社区中培养团队合作有助于加速和改善人类健康结果. Sage在为一系列合作研究项目开发定制应用程序方面经验丰富, 他们寻求beta365手机版的专业知识来提高CRI iAtlas平台的可靠性.

研究人员的新免疫治疗工具

与癌症研究所(CRI)和系统生物学研究所(ISB)合作, Sage bionetwork开发了 互动门户CRI iAtlas. CRI iAtlas旨在帮助科学家在免疫特征和相互作用的背景下改进肿瘤的遗传研究. 例如, 假设一项研究假设,一种影响免疫细胞亚型的特定化合物减缓了特定肿瘤的生长. 这样的话, 研究人员可以探索从多个其他广泛研究汇编的iAtlas的结果,000人支持证据. 继续扩大这一资源的效用, iAtlas团队与全球研究团体合作,将新的数据队列集成到20个gb的文件中,000个或更多基因,可能有数百万个突变. 这些数据既需要安全存储,又需要可供科学家访问. 

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“这不是我与beta365手机版合作的第一个项目,所以我很乐观. 真正有益的事情之一是他们的工程师如何与beta365下载的科学家和数据工程师并肩工作,以达到beta365下载可以自己维护的最终结果.”

Dr. 詹姆斯•艾迪 信息学主任 & 生物运算, Sage bionetwork

AWS数据库解决方案

依赖于平面文件(e.g.,表数据与 .txt或 .CSV扩展)来存储和加载此数据是具有挑战性的维护, 手动密集, 并且在大范围内表现不佳. Sage希望用数据库架构(可能还有缓存层)取代平面文件,以改进数据管理, 性能, 以及支持当前和未来数据可视化模块的可伸缩性. 他们还寻求整合持续集成(CI)和持续部署(CD)工具.

他们需要一个有成就和创新的软件合作伙伴,可以把他们的CRI iAtlas愿景变成一个可靠的平台. beta365手机版就是那个合作伙伴.

在项目的第一阶段, 新成立的团队重构了CRI iAtlas应用程序, 允许科学家和开发人员查询大量数据. 在通过安全门户公开数据进行子集分析之前,CRI iatas可以更快速有效地查找和排序数据. 使用CRI iAtlas的研究人员越多, 他们选择子集的速度就越快, 创建可视化效果就越容易. 简化曾经密集的数据量可以更直接地回答假设, 促进未来癌症诊断和治疗的研究.

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“就集成新数据源和数据类型而言,beta365下载在(iAtlas)中管理数据的方式是禁止的, 还有缩放. beta365下载认识到需要摆脱平面文件,并有了解决方案的想法, 但与基于云的数据库系统专家团队合作相比,很难找到带宽来创建原型并探索这些想法.”

Dr. 詹姆斯•艾迪 信息学主任 & 生物运算, Sage bionetwork

以第一阶段的成功为基础, 该团队随后将注意力转向第二阶段:用Python和GraphQL设计和开发iAtlas数据API,以便研究人员可以更容易地使用CRI iAtlas内容. 利用已经完成的工作来自动化新数据集的构建和部署, iAtlas Data API将允许Sage在私有环境中运行数据转换和数据库构建管道. 创建新版本的数据库是计算密集型的,但也不定期发生. beta365手机版提出了一个AWS解决方案,该解决方案使用EC2 Spot实例,并根据需要提供它们来运行数据构建任务. Sage现在只需要为使用它的构建环境付费.

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“就长期影响而言, beta365下载与beta365手机版的积极合作关系使这种合作成为其他团队和其他项目的一个有吸引力的途径."

Dr. James Eddy,信息学总监 & 生物计算,Sage bionetwork

更好的科学合作

在一起, beta365手机版和Sage团队已经定义了, 建, 并优化了应用程序功能和用例所需的查询. 所有的技术选择都是为了确保Sage团队能够在交付后维护和构建协作.

该应用程序已经从最初的一个数据集发展到九个数据集,该团队现在可以根据研究需要更好地添加更多数据集, 随着平台的发展,他们可以向用户推出新的信息.

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开放获取CRI iAtlas可以帮助癌症研究人员探索数据以寻找趋势, 生成的假设, 并决定在哪里进行更深入的研究——最终推动癌症研究社区,并帮助进一步实现潜在治疗和治愈的目标.

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